磁力研磨機操作的關鍵是獲得拋光速度，以便盡快去除拋光過程中產生的損壞層。同時，拋光損傷層不應影響觀察到的組織，即不會造成假組織。前者要求使用較粗的磨料，以確保高拋光率來去除拋光損傷層，但拋光損傷層也較深;后者需要使用使拋光損傷層變淺的材料，但拋光率較低。

　　解決這一矛盾的辦法是將拋光分為兩個階段。

　　粗拋光的目的是去除拋光后的損傷層。在此階段，應達到拋光速度。粗糙拋光形成的表面損傷是次要考慮因素，但也應盡可能小。

　　還有一種是精拋光。目的是消除粗拋光造成的表面損傷，減少拋光損傷。用拋光機拋光時，試樣的研磨面與拋光盤平行，均勻地壓在拋光盤上。注意防止樣品因壓力過大而飛出并產生新的磨損痕跡。

　　同時，樣品應沿轉盤半徑旋轉和前后移動，以避免磁力研磨機拋光織物的局部磨損過快。在拋光過程中，應不斷添加微粉懸浮液，使拋光織物保持一定的濕度。濕度會削弱磨痕拋光的效果，導致試樣中的硬質相出現浮雕，鋼中的非金屬夾雜物和鑄鐵中的石墨相產生“拖尾”現象。